{"id":24876,"date":"2021-03-25T01:21:18","date_gmt":"2021-03-25T05:21:18","guid":{"rendered":"https:\/\/antilla-martinique.com\/?p=24876"},"modified":"2021-03-25T01:21:18","modified_gmt":"2021-03-25T05:21:18","slug":"variants-du-coronavirus-ce-que-lon-sait-ce-que-lon-ignore-encore","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/antilla-martinique.com\/en\/variants-du-coronavirus-ce-que-lon-sait-ce-que-lon-ignore-encore\/","title":{"rendered":"Coronavirus Variants: What We Know, What We Don't Know Yet"},"content":{"rendered":"<p>Le 9 janvier 2021, des personnes font la queue devant un b\u00e2timent municipal de Bagneux pour passer un test de d\u00e9pistage, alors qu\u2019un cluster impliquant le variant dit \u00ab\u00a0britannique\u00a0\u00bb du coronavirus a \u00e9t\u00e9 d\u00e9tect\u00e9 dans la ville. <span class=\"attribution\"><span class=\"source\">Geoffroy Van der Hasselt \/ <\/span><\/span><\/p>\n<p>&nbsp;<\/p>\n<p><!--more--><\/p>\n<p>Trois de ces mutants, en particulier, font les gros titres depuis quelques semaines. Connus sous les noms de codes VUI202012\/01, 501.V2 et P1, ils ont respectivement \u00e9t\u00e9 identifi\u00e9s pour la premi\u00e8re fois en Grande-Bretagne, en Afrique du Sud et au Japon (en provenance du Br\u00e9sil).<\/p>\n<p>Que sait-on de ces variants\u00a0? Quelles questions restent sans r\u00e9ponse\u00a0? En quoi leur \u00e9mergence pourrait-elle modifier la propagation de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie\u00a0?<\/p>\n<h2>Des variants qui circulent largement<\/h2>\n<p>Comme on s\u2019y attendait, le SARS-CoV-2 \u00e9volue au fil des mois. Lorsqu\u2019un virus infecte une cellule, il d\u00e9tourne \u00e0 son profit la machinerie qu\u2019elle utilise pour produire ses constituants. Gr\u00e2ce \u00e0 ce \u00ab\u00a0piratage\u00a0\u00bb, l\u2019envahisseur fabrique de tr\u00e8s nombreuses copies de lui-m\u00eame, qui partiront ensuite \u00e0 l\u2019assaut des cellules voisines. Mais ces copies ne sont pas toujours conformes\u00a0: il arrive que des erreurs, ou mutations, surviennent lorsque le mat\u00e9riel g\u00e9n\u00e9tique est r\u00e9pliqu\u00e9. \u00c9tant donn\u00e9 que ce dernier constitue le \u00ab\u00a0plan de montage\u00a0\u00bb des futurs virus, ceux qui poss\u00e8dent un mat\u00e9riel g\u00e9n\u00e9tique mut\u00e9 seront l\u00e9g\u00e8rement diff\u00e9rents de l\u2019anc\u00eatre qui leur a donn\u00e9 naissance.<\/p>\n<div class=\"slot clear\" data-id=\"17\">\n<div class=\"promo\">\n<div class=\"MuiBox-root-392 jss393 jss391\">\n<div>\n<h5 class=\"MuiTypography-root-408 jss394 MuiTypography-h5-417 jss399 MuiTypography-colorInherit-430\">Transparent, research-based, written by experts \u2013 and always free.<\/h5>\n<p><button class=\"MuiButtonBase-root-467 MuiButton-root-441 jss439 MuiButton-contained-449 jss438 MuiButton-containedPrimary-450\" type=\"button\"><span class=\"MuiButton-label-442\">About us<\/span><\/button><\/p>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<p>Ces diff\u00e9rences peuvent \u00eatre neutres (c\u2019est-\u00e0-dire qu\u2019elles ne changent pas les propri\u00e9t\u00e9s des virus), d\u00e9l\u00e9t\u00e8res (elles nuisent \u00e0 leur efficacit\u00e9) ou b\u00e9n\u00e9fiques (elles am\u00e9liorent certaines propri\u00e9t\u00e9s du virus mut\u00e9, comme son infectiosit\u00e9 par exemple). Dans ce dernier cas, si l\u2019avantage que poss\u00e8de le virus variant est significatif, il va peu \u00e0 peu prendre le pas sur les autres \u00e0 mesure que se d\u00e9roulera l\u2019\u00e9pid\u00e9mie. L\u2019apparition de ces variants est un ph\u00e9nom\u00e8ne naturel d\u2019\u00e9volution virale. Il traduit probablement un ph\u00e9nom\u00e8ne d\u2019adaptation du SARS-CoV-2 \u00e0 la population humaine. C\u2019est la premi\u00e8re fois qu\u2019il nous est donn\u00e9 d\u2019observer cette adaptation en temps r\u00e9el pour un coronavirus.<\/p>\n<p>D\u2019une fa\u00e7on g\u00e9n\u00e9rale, les virus dont le mat\u00e9riel g\u00e9n\u00e9tique est constitu\u00e9 d\u2019ARN (comme le coronavirus SARS-CoV-2) sont davantage sujets aux mutations que les virus dont le g\u00e9nome est constitu\u00e9 d\u2019ADN. Cependant, en comparaison avec d\u2019autres virus \u00e0 ARN, le SARS-CoV-2\u00a0est relativement stable, car il poss\u00e8de un <a href=\"https:\/\/www.cell.com\/molecular-cell\/pdf\/S1097-2765(20)30518-9.pdf\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">m\u00e9canisme de correction des erreurs<\/a>. Des variations \u00e9taient n\u00e9anmoins attendues. Elles ont \u00e9t\u00e9 d\u00e9crites d\u00e8s le mois de f\u00e9vrier 2020. Ainsi, la mutation D614G, d\u00e9crite au printemps 2020, avait d\u00e9j\u00e0 rendu plus contagieuses les particules virales du SARS-CoV-2\u00a0qui la portaient. Cette mutation est aujourd\u2019hui pr\u00e9sente sur tous les variants.<\/p>\n<p>Plus r\u00e9cemment, le variant \u00ab\u00a0britannique\u00a0\u00bb VUI202012\/01 (VUI, pour <em>Variant Under Investigation<\/em>), d\u00e9tect\u00e9 en novembre en Angleterre mais dont les investigations ont montr\u00e9 qu\u2019il circulait <a href=\"https:\/\/virological.org\/t\/preliminary-genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-the-uk-defined-by-a-novel-set-of-spike-mutations\/563\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">depuis le mois de septembre<\/a>, est rapidement devenu majoritaire en Grande-Bretagne, puis est parti \u00e0 l\u2019assaut du reste du monde. Selon l\u2019OMS, il est d\u00e9sormais pr\u00e9sent dans au moins 60\u00a0pays et territoires.<\/p>\n<p>Des cas d\u2019infections par ce variant ont notamment \u00e9t\u00e9 d\u00e9crits en France, dont certains chez des personnes n\u2019ayant pas voyag\u00e9 au Royaume-Uni, ce qui sugg\u00e8re qu\u2019il circule d\u00e9j\u00e0 sur le territoire fran\u00e7ais. La France \u00e9tait un pays qui <a href=\"https:\/\/theconversation.com\/covid-19-il-faut-absolument-eviter-que-le-variant-anglais-ne-devienne-majoritaire-153327\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">s\u00e9quen\u00e7ait relativement peu jusqu\u2019\u00e0 r\u00e9cemment<\/a>. Cependant, des r\u00e9sultats pr\u00e9liminaires bas\u00e9s sur les s\u00e9quences obtenues suite \u00e0 une campagne de s\u00e9quen\u00e7age \u00e0 grande \u00e9chelle indiquent qu\u20191 \u00e0 2\u00a0% des s\u00e9quences obtenues correspondaient \u00e0 celle du VUI202012\/01. \u00c0 ce rythme, les auteurs de ces travaux estiment que ce variant pourrait devenir majoritaire dans le pays d\u2019ici \u00e0 la fin du mois de f\u00e9vrier.<\/p>\n<div data-react-class=\"Tweet\" data-react-props=\"{&quot;tweetId&quot;:&quot;1351121972307099648&quot;}\">\n<div>\n<div>\n<div class=\"twitter-tweet twitter-tweet-rendered\"><\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<\/div>\n<p>Un autre variant d\u00e9tect\u00e9 en Afrique du Sud en <a href=\"https:\/\/virological.org\/t\/tracking-the-international-spread-of-sars-cov-2-lineages-b-1-1-7-and-b-1-351-501y-v2\/592\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">octobre 2020<\/a>, sur lequel les autorit\u00e9s ont communiqu\u00e9 le <a href=\"https:\/\/www.who.int\/csr\/don\/31-december-2020-sars-cov2-variants\/en\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">18\u00a0d\u00e9cembre<\/a>, semble-lui aussi se propager rapidement, quoique plus lentement que le variant VUI202012\/01. Baptis\u00e9 501.V2, il est aujourd\u2019hui pr\u00e9sent dans 23\u00a0pays et territoires. Le succ\u00e8s de ces deux variants, qui partagent des mutations communes, s\u2019expliquerait par une transmissibilit\u00e9 accrue.<\/p>\n<p>Enfin, un troisi\u00e8me variant inqui\u00e8te les autorit\u00e9s sanitaires. D\u00e9tect\u00e9 au Japon <a href=\"https:\/\/www.niid.go.jp\/niid\/images\/epi\/corona\/covid19-33-en-210112.pdf\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">chez des voyageurs en provenance de l\u2019\u00e9tat de l\u2019Amazonas<\/a>, au Br\u00e9sil, les donn\u00e9es le concernant sont encore parcellaires.<\/p>\n<h2>Que sait-on des mutations port\u00e9es par ces trois variants\u00a0?<\/h2>\n<p>Les mutants VUI202012\/01 et 501.V2 se caract\u00e9risent par une association de d\u00e9l\u00e9tions et de mutations sur l\u2019ensemble du g\u00e9nome viral, dont une dizaine concernent le g\u00e8ne servant \u00e0 fabriquer la <a href=\"https:\/\/www.ecdc.europa.eu\/sites\/default\/files\/documents\/SARS-CoV-2-variant-multiple-spike-protein-mutations-United-Kingdom.pdf\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">glycoprot\u00e9ine d\u2019enveloppe Spike<\/a>, qui sert de cl\u00e9 au virus pour entrer dans les cellules, en s\u2019ins\u00e9rant dans la \u00ab\u00a0serrure\u00a0\u00bb constitu\u00e9e par un des r\u00e9cepteurs qu\u2019elles portent \u00e0 leur surface, nomm\u00e9 ACE-2.<\/p>\n<p>Certaines de ces variations de la prot\u00e9ine Spike sont communes aux deux variants. C\u2019est par exemple le cas de la mutation N501Y, responsable de la plus grande contagiosit\u00e9 de ces variants qui diffusent mieux dans la population humaine (on consid\u00e8re que le variant anglais pourrait \u00eatre de <a href=\"https:\/\/www.imperial.ac.uk\/news\/211793\/new-covid-19-variant-growing-rapidly-england\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">40 \u00e0 70\u00a0% plus transmissible<\/a>). C\u2019est probablement parce que cette mutation affecte la partie de la prot\u00e9ine Spike qui se lie au r\u00e9cepteur ACE-2\u00a0: cette liaison est renforc\u00e9e chez les variants qui la portent.<\/p>\n<p>Le variant dit \u00ab\u00a0britannique\u00a0\u00bb porte aussi une mutation consistant en la d\u00e9l\u00e9tion \u2013 autrement dit la suppression \u2013 d\u2019un morceau du g\u00e8ne de la prot\u00e9ine Spike. Cette d\u00e9l\u00e9tion entra\u00eene un d\u00e9faut de d\u00e9tection par certains tests de RT-PCR qui \u00e9taient utilis\u00e9s au d\u00e9but de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie pour le diagnostic. Heureusement, les tests actuellement utilis\u00e9s sont des tests multiplex, c\u2019est-\u00e0-dire qu\u2019ils recherchent plusieurs fragments du g\u00e9nome du SARS-CoV-2\u00a0dans les \u00e9chantillons biologiques. De cette fa\u00e7on, si un test ne d\u00e9tecte pas le fragment du g\u00e8ne de la glycoprot\u00e9ine S du fait des d\u00e9l\u00e9tions, il d\u00e9tecte d\u2019autres fragments du g\u00e9nome viral qui sont conserv\u00e9s. Les tests de diagnostic restent donc fiables.<\/p>\n<p>Le variant sud-africain est aussi porteur d\u2019une mutation pr\u00e9occupante, la mutation E484K, qui fait craindre un \u00e9chappement aux vaccins actuellement d\u00e9velopp\u00e9s (elle a notamment \u00e9t\u00e9 rep\u00e9r\u00e9e dans des variants qui sont parvenus \u00e0 r\u00e9infecter des personnes <a href=\"https:\/\/virological.org\/t\/spike-e484k-mutation-in-the-first-sars-cov-2-reinfection-case-confirmed-in-brazil-2020\/584\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">qui avaient d\u00e9j\u00e0 contract\u00e9 la maladie<\/a>). Cependant, soulignons qu\u2019\u00e0 ce jour, aucun \u00e9l\u00e9ment scientifique ne permet de penser que les vaccins en cours de d\u00e9ploiement ne seraient pas efficaces contre ces variants.<\/p>\n<p>Les variants britanniques et sud-africains pr\u00e9sentent donc des variations en commun et des diff\u00e9rences. Cela signifie qu\u2019ils sont proches. Ils n\u2019ont cependant pas forc\u00e9ment une origine commune\u00a0: des conditions environnementales similaires auraient pu favoriser l\u2019\u00e9mergence ind\u00e9pendante de variants portant les m\u00eames mutations, car ces derni\u00e8res leur procurent un avantage similaire (en l\u2019occurrence, une meilleure transmissibilit\u00e9). D\u2019autres \u00e9tudes seront n\u00e9cessaires pour r\u00e9pondre \u00e0 cette question.<\/p>\n<p>Le variant br\u00e9silien d\u00e9tect\u00e9 au Japon est aussi <a href=\"https:\/\/www.niid.go.jp\/niid\/en\/2019-ncov-e\/10108-covid19-33-en.html\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">porteur des mutations N501Y et E484K<\/a>. Cependant, \u00e0 l\u2019heure actuelle nous disposons de trop peu d\u2019informations scientifiquement fiables pour pouvoir tirer des conclusions d\u00e9finitives sur les cons\u00e9quences de l\u2019\u00e9mergence de ce variant.<\/p>\n<h2>Quelles sont les implications de l\u2019\u00e9mergence de ces variants\u00a0?<\/h2>\n<p>Contrairement \u00e0 ce qui a \u00e9t\u00e9 annonc\u00e9 initialement, ces nouveaux variants ne ciblent pas une cat\u00e9gorie d\u2019\u00e2ge en particulier. Ils infectent de la m\u00eame fa\u00e7on tous les humains. Cependant, \u00e9tant donn\u00e9 qu\u2019ils sont plus contagieux, la proportion de personnes infect\u00e9es est plus importante. Enfants et adultes, nous sommes tous concern\u00e9s. Ce qui est relativement rassurant, c\u2019est que ces variants ne sont pas responsables de formes plus graves de la maladie.<\/p>\n<p>Une chose est certaine\u00a0: plus le SARS-CoV-2\u00a0circulera au sein de la population mondiale et plus il y aura de variations qui appara\u00eetront. En effet, la probabilit\u00e9 que des mutations surviennent augmente avec le nombre de virus qui se r\u00e9pliquent, ce qui augmente aussi le risque que certaines de voir \u00e9merger des modifications qui compliquent la gestion de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie. Il est par exemple plus difficile de garder le contr\u00f4le de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie lorsqu\u2019un virus devient plus contagieux.<\/p>\n<hr \/>\n<p><em><strong>Read more: <a href=\"https:\/\/theconversation.com\/covid-19-pourquoi-il-faut-absolument-eviter-que-le-variant-anglais-ne-devienne-majoritaire-153327\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Covid-19\u00a0: pourquoi il\u00a0faut absolument \u00e9viter que le variant anglais ne devienne majoritaire<\/a><\/strong><\/em><\/p>\n<hr \/>\n<p>Pour cette raison, il est primordial de limiter la circulation du virus non seulement par le respect scrupuleux des gestes barri\u00e8re (port correct du masque, distanciation physique, lavage des mains r\u00e9guliers, a\u00e9ration des pi\u00e8ces), mais aussi en se faisant vacciner d\u00e8s que possible.<\/p>\n<p>Enfin, il est important de s\u00e9quencer r\u00e9guli\u00e8rement le g\u00e9nome du SARS-CoV-2, afin de surveiller l\u2019apparition de nouveaux variants.<\/p>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Le 9 janvier 2021, des personnes font la queue devant un b\u00e2timent municipal de Bagneux pour passer un test de d\u00e9pistage, alors qu\u2019un cluster impliquant le variant dit \u00ab\u00a0britannique\u00a0\u00bb du coronavirus a \u00e9t\u00e9 d\u00e9tect\u00e9 dans la ville. Geoffroy Van der Hasselt \/ &nbsp;<\/p>","protected":false},"author":33,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"_uf_show_specific_survey":0,"_uf_disable_surveys":false,"footnotes":"","rank_math_focus_keyword":"","rank_math_title":"","rank_math_description":"","rank_math_canonical_url":"","rank_math_robots":null,"rank_math_facebook_title":"","rank_math_facebook_description":"","rank_math_twitter_title":"","rank_math_twitter_description":""},"categories":[2],"tags":[],"class_list":["post-24876","post","type-post","status-publish","format-standard","category-actualite"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/antilla-martinique.com\/en\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/24876","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/antilla-martinique.com\/en\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/antilla-martinique.com\/en\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/antilla-martinique.com\/en\/wp-json\/wp\/v2\/users\/33"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/antilla-martinique.com\/en\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=24876"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/antilla-martinique.com\/en\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/24876\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/antilla-martinique.com\/en\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=24876"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/antilla-martinique.com\/en\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=24876"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/antilla-martinique.com\/en\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=24876"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}