Il est connu pour son attachement à la séparation entre politique et religion. Lors d’un colloque en hommage à Marc Sangnier, fondateur de la démocratie chrétienne, il a salué les idéaux de rassemblement et de réconciliation. Bien qu’il incarne un catholicisme enraciné dans ses convictions personnelles et sa vie familiale, il défend une laïcité stricte où la foi ne doit pas dicter la loi.
Bayrou critique les positions radicales, comme celles de Nicolas Sarkozy sur la supériorité du curé sur l’instituteur ou celles du pape Benoît XVI sur le préservatif en Afrique. Sur des sujets comme le mariage homosexuel ou l’IVG, il prône des positions nuancées, préférant le dialogue et la défense de la vie à tout dogmatisme.
Son approche reflète une foi personnelle non instrumentalisée, en cohérence avec sa vision républicaine et ouverte du monde, où le respect des autres, quelles que soient leurs convictions, est central.