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Une année sans microbes

Une année sans microbes
mai 03
10:00 2021
Temps de lecture : 7 minutes

Des mois de désinfection exubérante des mains et d’isolement social pendant la pandémie ont modifié notre exposition aux microbes, dans un sens positif et négatif.

JAMES HAMBLIN

ADAM MAIDA / THE ATLANTIC

Les ventes d’alcool ont bondi en 2020, surtout parmi les variétés les plus sûres. Mais un type a largement dépassé les autres : le désinfectant pour les mains.

Dans le feu de l’action de la pandémie, Purell a investi quelque 400 millions de dollars dans l’expansion de sa production. Comme le savent tous ceux qui ont eu recours au désinfectant pour les mains de contrebande, la société était loin de répondre à la demande. Les distilleries et les gouvernements des États se sont également mis de la partie ; la version de l’État de New York était, autant que je puisse en juger, un mélange de gâteaux d’urinoir et de vodka de bas de gamme. (Je lui en suis reconnaissant.) En tout et pour tout, à la fin de l’année 2020, les ventes de désinfectant pour les mains avaient augmenté de 600 %.

On peut supposer qu’une partie de ce désinfectant est toujours intacte dans les réserves des gens en cas de pandémie. Mais une grande partie a également été appliquée sur notre peau, où l’alcool dissout rapidement la plupart des virus, bactéries et champignons qu’il rencontre. Cette augmentation spectaculaire de la stérilisation personnelle – combinée à de nombreuses autres habitudes de réduction des microbes, notamment le masquage et la distanciation physique – a incité certains biologistes à s’interroger, dans des articles universitaires et des articles d’opinion de premier plan, sur l’ampleur des « dommages collatéraux » causés à notre système immunitaire.

Pour que cela soit clair : Détruire le coronavirus est, sans conteste, primordial. Des millions de personnes sont mortes, et des dizaines de milliers d’autres meurent chaque semaine. Dans le même temps, la majorité des billions de microbes qui peuplent notre peau et nos intestins – collectivement, notre microbiome – sont soit inoffensifs, soit utiles. « Les microbes que nous transportons sont impliqués dans de nombreux processus fondamentaux de l’Homo sapiens », m’a expliqué Brett Finlay, professeur de microbiologie et d’immunologie à l’université de Colombie-Britannique, au Canada. Entre autres rôles, ces organismes interagissent avec les cellules immunitaires de notre peau et leur apprennent à ne réagir qu’aux menaces graves. L’effet global du dérèglement de nos microbes n’est pas manifestement bon ou mauvais, mais il n’est pas non plus manifestement nul.

Notre microbiome est constamment en faible évolution, en fonction de notre environnement – les personnes qui nous entourent, les aliments que nous mangeons, les savons que nous utilisons, etc. Mais beaucoup de nos environnements et de nos habitudes quotidiennes ont changé de façon spectaculaire au cours de l’année écoulée, en raison de l’attention extrême portée à l’hygiène et aux expositions virales potentielles de toutes sortes. Cela a très certainement eu des effets importants sur la diversité de notre microbiome, individuellement et collectivement, a déclaré Mme Finlay. « L’inquiétude de certains microbiologistes, depuis une dizaine d’années, est que les dommages collatéraux d’une aseptisation excessive et de l’utilisation d’antibiotiques ne sont pas bons, en termes de microbes avec lesquels nous avons passé des milliers d’années à évoluer. » Il a cité les liens entre la surconsommation d’antibiotiques et l’augmentation des taux d’asthme et d’obésité, ainsi qu’un petit nombre de preuves des effets bénéfiques des accouchements par voie vaginale par rapport aux césariennes. Il est également prouvé qu’un microbiome diversifié est un indicateur – mais pas nécessairement un moteur – de bonne santé.

 

Lire : Pourquoi vos microbes intestinaux sont-ils différents des miens ?

 

La pandémie pourrait avoir accéléré cette perte de diversité. Ces dernières semaines, le Dr Finlay a été cité à ce sujet dans plusieurs articles de presse, alors que les personnes qui travaillent à l’étranger commencent à prendre en compte les effets à long terme de leur isolement prolongé. « Lorsque le COVID est arrivé, il a créé une expérience fantastique qui se poursuit », m’a dit Finlay. « Nous avons complètement changé nos comportements, et quand vous faites cela, vous changez vos expositions microbiennes : Vous n’embrassez pas les gens, vous ne prenez pas le métro ; vous passez plus de temps à la maison à faire du pain. » (Comment le savait-il ?)

 

Il est trop tôt pour être certain des effets, a déclaré M. Finlay, et toute corrélation pourrait prendre des décennies avant de se confirmer. Mais il est particulièrement préoccupé par les personnes très jeunes et très âgées, dont les microbiomes sont les plus labiles. Il se trouve que ce sont également les groupes dont la vie quotidienne a été la plus affectée par la pandémie. « Les enfants n’ont pas été à la crèche ou à l’école maternelle », explique M. Finlay. « Les personnes âgées ont été isolées de leurs petits-enfants, qui leur bavent généralement dessus ».

 

Il est loin d’être le seul à s’inquiéter de cette situation. « En tant que parent – et pas seulement en tant que chercheur – j’ai été extrêmement préoccupé par un grand nombre de projets d’assainissement intense dans les écoles », m’a confié Melissa Melby, anthropologue médicale à l’université du Delaware. « Le nombre de personnes déclarant qu’elles désinfectaient tout ce qu’elles apportaient chez elles était assez énorme, et je pense que nous avons de bonnes raisons de croire que des changements radicaux dans les comportements d’hygiène et de désinfection affecteront nos microbes, en particulier pour les jeunes enfants. »

 

L’un des résultats de cette évolution a déjà été observé : Nous avons brisé les chaînes de transmission de toutes sortes d’agents pathogènes, notamment les virus du rhume et de la grippe. L’hiver dernier, les cas de ces maladies ont atteint des niveaux historiquement bas. Et maintenant que j’y pense, cela fait plus d’un an que je n’ai pas eu de rhume. Avant, j’en attrapais tout le temps, même si je faisais très attention. Les experts du microbiome ne suggèrent pas qu’il est bon de contracter de nombreux rhumes courants ; ils disent que nous devrions être reconnaissants de la récente baisse de ces infections, tout comme nous sommes reconnaissants de ne pas avoir récemment marché sur un clou rouillé. L’adage « ce qui ne vous tue pas » ne s’applique pas plus aux infections respiratoires qu’au tétanos.

 

La question la plus intéressante est de savoir si j’ai pu manquer le contact avec d’autres microbes plus utiles en cours de route. Je ne me souviens pas de la dernière fois où j’ai serré la main de quelqu’un. Quoi qu’il en soit, c’était peut-être la toute dernière fois.

 

Un article récent du New York Times décrit le « sentiment croissant d’effroi » des chercheurs face à ces changements de comportement et à leurs « conséquences potentiellement irréversibles ». Mais certains sont optimistes. Certains effets pourraient être positifs, affirme Martin Blaser, directeur du Center for Advanced Biotechnology and Medicine de l’université Rutgers. Tout d’abord, comme les gens n’ont pas eu de rhumes, ils ne se sont pas non plus fait prescrire (de manière inappropriée) des antibiotiques. Nombre d’entre eux sont des thérapies cruciales, voire vitales. Utilisés trop souvent, cependant, ils peuvent perturber la diversité microbienne de l’organisme. Si la pandémie a contribué à limiter leur utilisation excessive et abusive, c’est « incontestablement une bonne chose » du point de vue de M. Blaser.

 

Quant à ceux d’entre nous dont le microbiome pourrait être déficient en raison de l’isolement, le Dr Blaser a plus d’espoir. « Le microbiome des enfants plus âgés et des adultes est très résilient », dit-il. Les microbes que nous acquérons d’autres personnes plus tard dans la vie ne semblent pas rester en place si longtemps, ni modifier fondamentalement la base microbienne que chaque personne développe très tôt dans la vie. Les couples mariés, par exemple, partagent beaucoup moins de leurs biomes que ne le font une mère et son enfant.

 

L’impact de la perte de contacts sociaux au cours de l’année écoulée sur nos microbes à long terme dépend de la façon dont nous sortons de cette période. Pour les enfants plus âgés et la plupart des adultes, m’a rassuré Finlay, « les dommages ne sont pas irréversibles ». En d’autres termes, votre diversité microbienne peut diminuer, mais votre base reste avec vous. Les régimes riches en fibres peuvent aider à rétablir la diversité. « Au lieu de suivre un régime à base de sucre et de farine blanche, essayez de manger plus de noix, de graines et de légumineuses », a recommandé Mme Finlay. Passez du temps à l’extérieur lorsque vous le pouvez, et passez du temps avec des animaux. « Les chiens sont un excellent moyen d’obtenir une exposition microbienne ».

 

Pour moi, tout cela était très rassurant. J’ai eu un chien pendant la pandémie, et j’ai passé beaucoup de temps à l’extérieur parce qu’il n’y avait rien d’autre à faire. J’ai aussi mieux mangé parce que je cuisine davantage et que je ne prends pas une part de pizza toutes les deux heures (c’est ce que font les New-Yorkais). Vous savez, cette pandémie a peut-être été bonne pour mes microbes. Peut-être même bonne ?

 

Je ne suis pas le seul dans ce cas. Dans de nombreuses familles, les jeunes enfants ont pu passer plus de temps avec leurs parents et leurs animaux domestiques qu’ils ne l’auraient fait autrement. « En fait, je faisais sortir davantage ma famille à l’extérieur », m’a dit Melby, l’anthropologue médical. Mais ces avantages n’ont pas été uniformes au sein de la population. Bien que « certaines personnes aient amélioré leur vie en termes d’exposition microbienne », dit-elle, « je connais beaucoup de personnes qui sont allées dans l’autre sens ». Parmi ces dernières, on trouve celles qui n’ont pas eu accès à des parcs et des quartiers sûrs, à une alimentation de qualité et à un air pur. « Je pense que la façon dont cela va se passer va dépendre fortement des ressources dont disposaient les gens pendant la pandémie ».

 

« S’ils ont les revenus pour le faire, les gens peuvent prendre des mesures pour s’assurer que leurs jeunes enfants développent un microbiome sain », explique Tamara Giles-Vernick, qui étudie l’ethnohistoire médicale à l’Institut Pasteur. En particulier, dit-elle, l’allaitement maternel à un âge précoce semble jouer un rôle dans l’établissement des bases du microbiome de l’enfant. Cela a pu être plus facile pendant la pandémie qu’en temps normal, pour les personnes qui ont travaillé à domicile. Pour ceux qui ont dû prendre un second emploi, c’est l’inverse.

 

Un écart de microbiome est évident même en période non pandémique. « En général, les communautés de statut socio-économique inférieur ont tendance à avoir des microbiomes moins diversifiés », explique Katherine Amato, anthropologue biologique à la Northwestern University. Dans sa forme la plus extrême, cette pénurie est connue sous le nom de « dysbiose » et est fortement associée à des troubles métaboliques et auto-immuns. Selon Mme Amato, la recherche ne fait que commencer à effleurer la surface des disparités microbiennes. « Des éléments comme le stress, l’alimentation, le travail posté et les perturbations des rythmes circadiens peuvent avoir des effets négatifs sur le microbiome. » Les inégalités de base qui affectent le microbiome jouent clairement dans les disparités entre les personnes qui meurent de la maladie COVID-19. Reste à savoir si le microbiome lui-même est un facteur de ces résultats.

 

« De nombreux pays à revenu élevé ont décidé de vacciner d’abord les personnes âgées, ce qui est extrêmement important pour le rétablissement des apports microbiens normaux », explique Mme Giles-Vernick. L’ouverture des maisons de retraite aux visiteurs extérieurs dès que possible pourrait également avoir des avantages autres que purement sociaux et psychologiques. Il en va de même pour les espaces communs dans la nature. « En France, nous sommes en confinement, mais contrairement au printemps dernier, nous pouvons aller dans les parcs », explique Giles-Vernick. « C’est une mesure vraiment importante ».

 

Le défi permanent est d’éviter une pensée binaire sur les microbes : Ils ne sont pas simplement bons ou mauvais, pas plus que les gens ne le sont, et Purell non plus. « Tout peut être exagéré », me rappelle Blaser, et cela inclut la stérilisation des choses. Nous devrions plutôt faire de l’hygiène ciblée notre objectif et nous concentrer sur les méthodes efficaces et éprouvées pour prévenir la transmission des maladies. Le désinfectant pour les mains peut être un miracle lors d’une épidémie de choléra ; cela ne signifie pas que vous devez vous doucher avec après chaque appel de Zoom.

 

(Si vous le faites, contactez l’un de ces chercheurs


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